1994 жылы Мемлекет басшысының Жарлығымен Орталық мемлекеттік Жаңа тарих архивінің негізінде Қазақстан Республикасы Президентінің Архиві құрылды.
1994 жылғы 12 сәуірде Қазақстан Республикасының Президенті Н. Ә. Назарбаев Архив туралы Ережені бекітті, соған сәйкес Архив ҚР Президентінің, оның Аппаратының және Мемлекет басшысының жанында қызмет ететін мемлекеттік органдардың қызметінде пайда болған құжаттарды жинау және сақтаумен айналысатын орталық мемлекеттік архивтің құқықтары мен міндеттері белгіленген мәртебесі бар дербес заңды тұлға атауына ие болды.
Архив 1974 жылы тұрпатты жоба бойынша салынған ғимаратта орналасқан, 8 архивтік сақтау қоймасы және қызметтік бөлмелері бар. Архивтің сақтау қоймалары 29 мың метрге жуық ұзындықтағы стационарлық және мобильді металл сөрелермен жарақтандырылған. Жасанды микроклиматтың және өрт-күзет сигнализацияларының автоматтандырылған жүйесіне қосылған.
Қазақстан Республикасы Президентінің Архивінде 1918 жылдан бері республиканың әлеуметтік-саяси және әлеуметтік-экономикалық өмірін бейнелейтін құжаттар жинақталған. Қазақ КСР-інің құрылуы, күштеп отырықшыландыру мен саяси қуғын-сүргіндердің, өлкенің индустрияландырылуының тарихы, қуғын-сүргінге ұшыраған халықтардың депортациялануы, Ұлы Отан соғысы жылдарындағы Қазақстан, тың және тыңайған жерлерді игеру туралы құжаттар қызығушылық тудырады.
«Қазақстан Республикасы Президенті Архивінің кейбір мəселелері туралы» ҚР Президентінің 2022 ж. 9 ақпандағы № 808 Жарлығымен Архив қайта құрылып, оның жаңа Ережесі мен құрылымы бекітілді. 2022 ж. маусымда Архивті дамытудың 2035 ж. дейінгі тұжырымдамасы əзірленіп, бекітілді. Тұжырымдаманың мазмұны Архивті цифрлық трансформациялау, оның құжаттану жəне архив ісі саласындағы ғылыми, əдістемелік жəне үйлестіру орталығы ретінде қалыптасуы, қолданбалы жəне болжамдық сипаттағы жаңа ғылыми шешімдердің негізінде жеткізгіштерді архивтеу əдіснамасынан ақпаратты архивтеу əдіснамасына дейінгі қызметті инновациялық жобалау бағыттары бойынша мекеменің қызметін жаңғыртуды айқындайды.
2021 жылы Қазақстан Республикасы Президенті Архивінің жанынан XX ғасырдағы саяси қуғын-сүргін материалдарын зерделу орталығы ашылды. 2022-2023 жылдар аралығында Орталыққа ҚР Ішкі істер министрлігі, Ұлттық қауіпсіздік комитеті мен Бас прокуратураның арнайы архивтерінен құжаттар тапсырылды. Онда 1930-1950 жылдардағы саяси қуғын-сүргін тарихына қатысты тың деректер қамтылған. Жалпы саны 700 мыңнан астам сақтау бірлігін құрайтын бұл құжаттардың қатарында қылмыстық істер, есептік карточкалар және бұрын құпия саналған өзге де құжаттар бар.
2022 жылы Қазақстан Республикасы Президенті Қасым-Жомарт Тоқаев «Қазақстан Республикасы Президентінің Архиві жөніндегі кейбір мәселелер туралы» Жарлыққа қол қойды. Бұл құжат Архивтің дамуындағы жаңа кезеңнің бастамасы болды. Жарлық аясында Президент Архиві дербес заңды тұлға мәртебесін алып, оған қатысты уәкілетті орган ретінде Қазақстан Республикасы Президентінің Әкімшілігі айқындалды.
2025 жылы Мемлекет басшысы Қасым-Жомарт Тоқаевтың тапсырмасына сай Қазақстан Республикасы Президенті Архиві Алматыдан Астана қаласына көшірілді.
Астанада орналасқан бұл ғимаратта архив қоймалары, зертханалар, интерактивті көрме, оқырман залы, қызметтік бөлмелер мен әкімшілік кеңсе орналасқан. Мұндағы 24 арнайы архив қоймасы қағаз құжаттармен қатар, дыбыс және бейне жазбаларды, шағын таспалар мен электрондық құжаттардың сақтық көшірмелерін сақтауға арналған. Бұл қоймалар жалпы саны 2 миллионға дейінгі сақтау бірлігін қамтуға мүмкіндік береді.
1918 жылдан 1990 жылға дейінгі тарихи құжаттар Алматы қаласында сақталса, 1991 жылдан бергі тәуелсіздік кезеңіндегі құжаттар 2025 жылы Астана қаласына көшірілді.
Қазіргі уақытта Архив ел тарихына қатысты құжаттар сақталатын орын ғана емес, білім және ғылыми-әдістемелік кешен ретінде қызмет көрсететін кешен ретінде жұмыс істейді.