Архив Президента Республики Казахстан был создан в 1994 году Указом Главы государства на базе Центрального государственного архива новейшей истории.
12 апреля 1994 года Президент Республики Казахстан Н.А. Назарбаев утвердил Положение об Архиве, согласно которому Архив получил статус самостоятельного юридического лица с прямым финансированием, установленными правами и обязанностями центрального государственного архива, призванного комплектовать/собирать и хранить документы, образовавшиеся в деятельности Президента РК, его Аппарата и государственных органов, действующих при Главе государства.
Архив в Алматы размещен в здании, построенном по типовому проекту в 1974 года и имеет 8 архивохранилищ и служебные помещения. Архивохранилища оснащены стационарными и мобильными металлическими стеллажами протяженностью около 29 тыс. метров, подключены к автоматизированным системам искусственного микроклимата и охранно-пожарной сигнализации.
В Архиве Президента собран обширный комплекс документов, отражающие общественно-политической и социально-экономической жизни республики с 1918 года. Особый интерес представляют документы об образовании Казахской АССР, истории насильственной коллективизации и политических репрессий, индустриализации края, депортации репрессированных народов, о Казахстане в годы Великой Отечественной войны, об освоении целинных и залежных земель, о становлении страны как независимого государства, о внутренней и внешней политике, международных отношениях, процессах экономических преобразований, а также о социально-культурном развитии Казахстана.
Указом Президента РК от 9 февраля 2022 года № 808 «О некоторых вопросах Архива Президента Республики Казахстан» Архив был реорганизован, утверждены его новые Положение и структура. В июне 2022 г. была разработана и утверждена Концепция развития Архива до 2035 г. Содержание Концепции определяет модернизацию деятельности учреждения, цифровой трансформации Архива и становления его как научного, методического и координационного центра в области документоведения и архивного дела, инновационного проектирования деятельности от методологии архивирования носителей к методологии архивирования информации на основе новых научных решений прикладного и прогностического характера.
В 2021 году при Архиве Президента в Алматы был открыт Центр по изучению материалов политических репрессий XX века. В 2022-2023 годах в Центр поступили материалы из специальных архивов Министерства внутренних дел, Комитета национальной безопасности и Генеральной прокуратуры Республики Казахстан, отражающие историю политических репрессий 1930-1950-х годов. Всего было принято свыше 700 тысяч единиц хранения, включая уголовные дела, учетные карточки и другие ранее засекреченные документы.
В 2022 году Президент Казахстана Касым-Жомарт Токаев подписал Указ «О некоторых вопросах Архива Президента Республики Казахстан». Так начался новый этап в развитии Архива. Учреждение получило статус юридического лица, уполномоченным органом в отношении которого была определена Администрация Президента Республики Казахстан.
В 2025 году по поручению Главы государства Касым-Жомарта Токаева Архив Президента Республики Казахстан был передислоцирован из Алматы в Астану.
Новое здание Архива в Астане построено согласно международным стандартам и включает архивные хранилища, лаборатории, интерактивную выставку, читальный зал, служебные помещения и административные кабинеты. Здесь размещены 24 специализированных современных хранилища, предназначенных не только для бумажных документов, но и для хранения аудио- и видеозаписей, микропленок, а также резервных копий электронных документов. Их вместимость составляет до 2 млн единиц хранения.
В 2025 году в столицу перевезены все документы периода Независимости. В филиале Архива Президента РК в Алматы остаются фонды, отражающие историю XX века: документы об образовании Казахской АССР, индустриализации, политических репрессиях, участии Казахстана в Великой Отечественной войне и другие.
Архив Президента не только крупнейший в стране хранитель документов социально-политической истории ХХ-ХХІ веков, но и является образовательным, научно-методическим центром.